劳动者甚至一些专业律师认为加班工资的追索有两年的时效限制，但是这样的理解是片面的，超过两年期限的加班工资一样可以追索，关键是看劳动者有没有充足的证据。

根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条第四款规定，劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制（即劳动争议申请仲裁的时效期间为一年）。但劳动部《工资支付暂行规定》明确规定：“用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查，故劳动者实体追索劳动报酬的时效以两年为限。”

另外，广东省《关于适用<劳动争议调解仲裁法>、<劳动合同法>若干问题的指导意见》第二十九条也规定：“劳动者追索两年前的加班工资，原则上由劳动者负举证责任。”，从上述规定可以看出，两年以上的劳动报酬，并非不可追索，但需以劳动者有充足的证据或者用人单位没有异议为限。也就是说，申请仲裁之日起两年内的劳动报酬的举证责任由用人单位承担，两年以外的由劳动者承担，并且以用人单位予以认可为条件。

如果是在劳动关系终止后提起劳动仲裁申请主张加班费权益的，同样可以追索在职期间的所有加班工资，但是应自劳动关系终止之日起一年内提出。而同样由用人单位承担两年之内的工资支付举证责任，劳动者承担两年以外的工资发放举证责任，且需得到用人单位认可。

 因此除企业必须妥善保存计算和支付加班工资的资料，以备举证所需之外，劳动者也应及时、积极的追索加班工资，否则很可能会面对举证不能的不利后果。